Acquisition des congés payés pendant un arrêt longue maladie : que faut-il savoir ?

juillet 10, 2026

Un salarié confronté à un arrêt de travail prolongé pour cause de maladie de longue durée est souvent désemparé face à l’impact de cette situation sur ses droits, notamment en matière de congés payés. Alors que l’absence au travail peut sembler interrompre les droits sociaux, la législation récente vient bouleverser les pratiques traditionnelles en renforçant la protection et les acquis des salariés durant ces périodes difficiles. En effet, depuis 2024, un salarié en arrêt maladie, y compris pour maladie ordinaire, continue à cumuler des congés payés, sous certaines conditions bien définies. Ce changement majeur vise à garantir que les droits à congés ne se perdent pas injustement, même au cours d’une incapacité de travail prolongée.

Le cadre légal autour de l’acquisition et du report des congés payés pendant un arrêt de longue maladie, souvent défini comme supérieur à six mois ou un an selon les situations, inclut des règles précises sur la durée d’arrêt prise en compte, les modalités de calcul des jours acquis, ainsi que sur les obligations de l’employeur en matière d’information et de suivi administratif. Cette complexité nécessite une bonne connaissance pour ne pas voir ses droits bafoués et pour pouvoir organiser au mieux la reprise du travail et la prise effective des congés à venir.

Au-delà des aspects mathématiques du calcul, c’est également toute une organisation des ressources humaines dans l’entreprise qui est impactée. Les employeurs doivent aujourd’hui redoubler d’attention pour respecter les obligations légales et conventionnelles, notamment en informant les salariés dans les délais nécessaires, afin d’éviter litiges et contentieux. Par ailleurs, les salariés doivent être vigilants et souvent proactifs dans la demande de régularisation de leurs droits acquis pendant l’arrêt. À travers des exemples concrets et des explications détaillées, cet article se penche sur ces sujets essentiels selon la législation en vigueur, pour mieux comprendre comment protéger ses droits salariés face à une longue maladie.

  • Acquisition automatique de congés payés : 2 jours ouvrables par mois d’arrêt maladie, même en cas de maladie non professionnelle.
  • Calcul dual : distinction entre les congés acquis pendant le travail effectif et ceux cumulés durant l’arrêt de travail.
  • Report des congés non pris : prolongation jusqu’à 15 mois après la reprise, avec des règles précises d’information par l’employeur.
  • Démarches à entreprendre : nécessité pour le salarié de formuler une demande écrite pour faire valoir ses droits et engager une régularisation.
  • Indemnités compensatrices : modalités de calcul et versement lors d’un départ de l’entreprise avec congés non pris.

Les règles actuelles d’acquisition des congés payés pendant un arrêt longue maladie

Depuis l’adoption de la loi n°2024-364, les salariés bénéficient désormais d’une acquisition de congés payés pendant toute la durée de leur arrêt maladie, quel que soit le motif. Cette évolution marque un tournant considérable dans la reconnaissance des droits des travailleurs en situation d’incapacité prolongée. Elle s’applique aussi bien aux arrêts liés à un accident ou une maladie professionnelle qu’à ceux dus à une maladie ordinaire, une nouveauté essentielle instaurée par cette réforme. Le salarié cumule désormais 2 jours ouvrables de congés payés par mois complet d’arrêt, un taux légèrement réduit comparé aux 2,5 jours acquis pour chaque mois de travail effectif.

Ce système prend en compte la notion de durée d’arrêt au sens strict : les mois doivent être complets et consolident les droits de façon linéaire, sans différenciation selon la nature fractionnée ou continue de l’arrêt. Ainsi, un salarié ayant cumulé plusieurs petites périodes d’arrêt sur plusieurs semaines peut totaliser l’équivalent d’un ou plusieurs mois complets d’arrêt cumulés, ouvrant droit à une acquisition proportionnelle de congés. Par exemple, un arrêt maladie de 4 mois donnera droit à 8 jours ouvrables crédités sur son compteur de congés, tandis qu’une absence plus longue de 6 mois se traduira par 12 jours complémentaires.

L’application des règles pour différents types d’arrêts

Il convient de distinguer les situations selon le type d’arrêt maladie :

  • Maladie professionnelle ou accident du travail : Le droit à congés payés est acquis de manière continue pendant toute la durée d’arrêt, avec un taux d’acquisition conventionnellement reconnu à 2,5 jours par mois, similaire au travail effectif dans certains accords.
  • Maladie ordinaire : Depuis avril 2024, ces arrêts donnent aussi droit à l’acquisition de congés à hauteur de 2 jours ouvrables par mois d’absence, ce qui n’était pas le cas auparavant.
  • Arrêts fractionnés : Même en cas d’interruptions ou arrêts intermittents, la durée totale d’absence est cumulée pour calculer les droits aux congés payés.

Cela signifie une continuité dans la reconnaissance des droits sociaux, évitant au salarié de perdre les bénéfices liés à ses années d’ancienneté et à son contrat de travail en raison d’une simple maladie prolongée. Le plafond de 24 jours ouvrables reste appliqué, garantissant que l’accumulation ne dépasse pas les droits maximums par période de référence, en général du 1er juin au 31 mai de l’année suivante.

Au-delà du calcul, cette disposition nécessite pour les entreprises un suivi rigoureux. Les employeurs doivent désormais adapter leur gestion administrative pour bien différencier les congés acquis en travail effectif et ceux générés par l’arrêt maladie. Cette distinction est notamment essentielle pour le calcul des droits ainsi que pour leur mise à jour dans la paie et la gestion des ressources humaines.

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Enjeux pratiques et conséquences sur la gestion RH

Dans une PME ou une grande entreprise, la prise en compte des congés payés en période d’arrêt maladie demande une vigilance accrue des gestionnaires. Ils doivent impérativement tenir compte de l’évolution récente de la législation pour assurer la conformité du contrat de travail des salariés, prévenir tout litige et garantir que les droits des salariés sont respectés.

La jurisprudence récente confirme cette obligation : notamment un arrêt de la Cour de cassation en septembre 2023 a rappelé que l’acquisition des congés payés en arrêt maladie doit être systématiquement reconnue, ce qui oblige les employeurs à revoir leurs procédures internes et à former leurs équipes RH en conséquence.

La transparence est également primordiale pour faciliter le dialogue social et maintenir la confiance : informer le salarié de ses droits à chaque étape de son absence, par courrier ou via le bulletin de paie, est un impératif légal. Sinon, l’employeur s’expose à des recours, qui peuvent aller jusqu’au conseil de prud’hommes en cas de conflit. Le salarié gagne à être proactif, en consultant les ressources officielles comme les règles actualisées sur le Code du Travail.

Comment faire valoir ses droits aux congés payés acquis durant une longue maladie ?

Un salarié en arrêt longue maladie doit souvent s’impliquer activement pour que ses droits soient reconnus et effectifs. Contrairement aux idées reçues, l’employeur n’est pas toujours tenu de procéder spontanément à la régularisation des congés payés acquis pendant l’arrêt. Cela implique que le salarié doit parfois entamer des démarches précises pour faire valoir ses droits, notamment par écrit.

La première étape consiste fréquemment à adresser une demande formelle à son service des ressources humaines. Un courrier recommandé avec accusé de réception ou un courriel explicite, mentionnant la période d’arrêt ainsi que les certificats médicaux justifiant l’absence, est conseillé. Cette démarche écrit une trace officielle qui facilite la suite des échanges et des vérifications.

En cas de refus de l’employeur ou d’absence de réponse dans un délai raisonnable (souvent un mois), le salarié dispose de plusieurs recours :

  • La saisine de l’inspection du travail, qui peut intervenir pour alerter l’employeur sur ses obligations légales et tenter une médiation.
  • La saisine du conseil de prud’hommes, si la situation persiste, afin de faire reconnaître juridiquement les droits du salarié et réclamer leur régularisation.
  • Le recours à des conseils syndicaux ou des associations spécialisées en droit du travail pour accompagner la démarche et favoriser une issue positive.

Il est important de noter que la loi prévoit un délai de prescription de deux ans à compter d’avril 2024 pour réclamer des droits rétroactifs d’acquisition de congés payés depuis décembre 2009. Ainsi, même si le salarié a perdu du terrain dans ses connaissances à propos de ses droits, une régularisation peut être sollicitée pour une période étendue.

Un exemple illustratif : Sophie, salariée en arrêt maladie de septembre 2025 à mars 2026, a cumulé 12 jours de congés payés pendant cette période. À son retour, elle constate que ces jours n’ont pas été inscrits sur son compteur. Après avoir adressé un courrier recommandé à son employeur, celui-ci a tardé à répondre. Sophie a alors contacté l’inspection du travail qui a rappelé à l’entreprise ses obligations, avant qu’une mise à jour effective soit mise en place sur son solde de congés.

Obligations de l’employeur en matière d’information et de gestion

L’un des aspects essentiels pour la bonne application des règles est l’information portée par l’employeur. Celui-ci doit faire connaître au salarié le nombre de jours de congés dont il dispose et la date limite pour leur prise, notamment après un arrêt prolongé. Cette obligation s’exerce idéalement dans le mois suivant la reprise du salarié au travail, au moyen d’un courrier ou via le bulletin de paie, garantissant une preuve formelle de la transmission.

Le défaut d’information entraîne la suspension des délais de report et peut ainsi préserver les droits du salarié au-delà des 15 mois réglementaires prévus pour la prise des congés non utilisés. Cette mesure protège particulièrement les salariés qui reprennent dans un contexte fragile, évitant la perte injuste de leurs acquis.

Les partenaires sociaux peuvent également conclure des accords d’entreprise ou de branche, aménageant des règles plus avantageuses, notamment en étendant la durée de report des congés payés. Les conventions collectives jouent donc un rôle clé dans ce mécanisme et doivent être consultées pour une application au plus près du cadre opérationnel.

Le report des congés payés non pris durant un arrêt de longue maladie

Les modalités de report des congés payés non pris en raison d’un arrêt maladie longue durée font l’objet d’un encadrement rigoureux. La loi prévoit que ces congés non utilisés peuvent être reportés jusqu’à 15 mois après la date limite initiale de prise fixée habituellement au 31 mai de l’année suivante.

Pour les congés acquis avant l’arrêt, le salarié bénéficie d’un report classique qui peut être prolongé en cas d’impossibilité médicale. Cette prolongation automatique prend effet dès que l’employeur informe officiellement le salarié de ses droits. En cas d’absence d’information dans un délai d’un mois, le droit au report est consolidé sans limite dans les faits.

Les congés acquis pendant la période d’arrêt maladie disposent d’un régime similaire. Toutefois, leur prise doit intervenir dans ce même délai étendu, permettant une organisation adaptée à la situation du salarié, parfois en convalescence ou en reprise progressive.

Durée d’arrêt Jours acquis Délai maximal pour prise des congés Observations
1 mois 2 jours ouvrables 31 mai + 15 mois Report possible en cas d’impossibilité médicale
6 mois 12 jours ouvrables 31 mai de l’année suivante + 15 mois Validé par accords collectifs sectoriels
12 mois 24 jours ouvrables (plafond) 31 mai + 15 mois Respect des règles de plafonnement légal

Il est important de noter que les règles conventionnelles plus favorables, issues de négociations collectives, peuvent modifier ces délais. Plusieurs branches professionnelles ont adopté des clauses spécifiques permettant un report supérieur à la durée légale, mieux adaptée aux réalités des métiers où les arrêts représentent un enjeu fréquent et durable.

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Indemnités compensatrices et départ de l’entreprise en cas de congés non pris

Lorsque le salarié quitte définitivement une entreprise sans avoir pu prendre l’intégralité de ses congés payés, les droits acquis, y compris ceux accumulés pendant un arrêt maladie, donnent lieu au versement d’une indemnité compensatrice de congés payés. Ce montant vise à compenser financièrement la perte de ces jours de repos.

Deux méthodes de calcul s’appliquent selon les situations :

  • La règle du dixième : correspond à 1/10e de la rémunération brute perçue sur la période de référence annuelle.
  • Le maintien de salaire : requis lorsque cette méthode est plus avantageuse pour le salarié, en calculant le salaire correspondant aux congés non pris.

Par exemple, pour un salarié au salaire mensuel de 3 000 euros ayant accumulé 10 jours de congés non pris après un arrêt maladie de cinq mois, l’indemnité représentera en moyenne 1 380 euros selon le maintien du salaire (calculé sur la base d’un salaire journalier d’environ 138 euros).

Cette indemnité doit être versée avec le solde de tout compte lors du départ du salarié sous peine de pénalités financières et d’intérêts de retard. Il est à noter que les salariés disposent d’un délai de trois ans pour réclamer ces sommes implicites auprès de leur ancien employeur, conformément aux règles de prescription des créances salariales.

Dans certains cas particuliers, notamment en cas d’arrêt maladie pendant une procédure de dépôt de bilan ou de cessation d’activité, la gestion des congés payés et des indemnités compensatrices peut se révéler plus complexe. Une vigilance accrue est donc nécessaire, notamment à travers la consultation d’experts ou de ressources spécialisées comme la gestion administrative en cas de difficultés économiques.